Bénédicte Pagnot naît en 1970 à Elbeuf (Haute-Normandie). Après une maîtrise d’études audiovisuelles à l’université Toulouse le Mirail, elle devient assistante de réalisation, régisseuse et chargée de casting sur des tournages en Bretagne où elle a choisi de s’installer. C’est en 2001 qu’elle réalise La petite cérémonie (sélectionné par une vingtaine de festivals et primé par huit d'entre eux, dont le Prix du public au festival Premiers plans d’Angers) ; suivront deux autres fictions courtes La pluie et le beau temps (2008) et Mauvaise graine (2010) et trois documentaires Derrière les arbres (2004), Avril 50 (2006) et Mathilde ou ce qui nous lie (2010). Elle mène en parallèle des ateliers en milieu scolaire, universitaire et pénitentiaire.
En 2013 sort au cinéma son premier long métrage de fiction Les lendemains (Prix du public au festival Premiers plans d’Angers) et en 2017 Islam pour mémoire, long métrage documentaire.
En 2020 elle co-réalise Contre vents et marées, un documentaire sur le polder de Brest et les projets de parcs éoliens marins en Bretagne avec Nathalie Marcault et Emmanuelle Mougne.