Après une licence en droit et sciences politiques, à Rennes, Alain Aubert-Dechartre est reçu à l'IDHEC, à Paris. Il y filme en mai 68. Puis il dirige le service Cinéma du centre culturel de Niamey, où il initie à la réalisation de jeunes cinéastes africains. Il est amené à collaborer avec Jean Rouch. En 1970 il enseigne la scénarisation, le découpage, et le montage à l’école Louis-Lumière (Vaugirard). Il y supervise la réalisation de plus de 200 courts métrages d’élèves. Après un doctorat sur L’Intrigue scénarique, il devient maître de conférence et directeur de stage.
Après plusieurs courts métrages, il tourne Quatre journées d’un partisan, sélectionné dans plusieurs festivals en 1975, dont Cannes-Perspectives. Puis, en 1977, Chronique des années tristes.
Depuis 1965, il est actif dans différents festivals : Saint-Cast en 1965, au Festival international du film et d’échanges francophones de Dinard, de 1970 à 1980. Aux côtés de Guy Hennebelle, Il participe en 1978 à la création de la révue Cinémaction et publie un manifeste dans l’avant-projet. Il y publie de multiples articles, tant sur le cinéma francophone ou les cinémas d’avant-garde que sur la théorie de la scénarisation et du découpage, le cinéma et la ruralité, etc. C’est dans ce cadre qu’il mène des recherches en Bretagne pour un numéro décisif : Cinémas en régions (numéro 12, 1980).
Lorsqu’il est contacté par André Colleu pour un projet de cinémathèque, il lui remet toutes ses boîtes de bobines. Il devient ainsi l’un des premiers déposants à ce qui sera plus tard la Cinémathèque de Bretagne.
Ses films, Chronique des années tristes et Quatre journées d'un partisan, sont à retrouer sur KuB !