Alexis Gloaguen est né le 19 avril 1950 à Plovan (Finistère). Il passe une grande partie de son enfance en Nouvelle-Calédonie (dans les îles Loyauté) où lui vient le goût de la nature primitive. Rentré à Brest, il y mène ses études secondaires et, après avoir été titularisé comme instituteur, entame en 1970 des études de philosophie à l'Université de Bretagne Occidentale, lesquelles seront achevées à Clermont-Ferrand où il obtient le CAPES. Il enseigne cette discipline à Quimper, à Lannion, puis à Vannes de 1978 à 1992.
En 1979-1980, il fait de fréquents voyages en Cornouailles britanniques où il écrit sur les insectes et l'archéologie industrielle. Ces recherches fourniront la matière de Traques passagères. En 1980-81, il prend une année sabbatique pour écrire en Écosse ce qui deviendra Le Pays voilé, récit de parcours au long des estuaires et dans les montagnes où il bivouaque, étudiant la flore et la faune sauvages. Les années 1980 sont largement consacrées à écrire sur la peinture et la gravure, à la suite de rencontres avec des artistes marquants dans ces domaines, ce qui permettra de nombreux et fructueux échanges. À partir de 1987, il s'installe avec sa femme, Marie-Pierre, et leurs quatre enfants à Séné (Morbihan). Parcourant les chemins de cette commune d'anciens marais salants, il écrit La Folie des saules, trois récits consacrés aux étangs et à la nuit. En 1992, il part avec sa famille à Saint-Pierre et Miquelon pour lancer le Francoforum, nouvel institut de langue française tourné vers le Canada et les États-Unis. Il en est, pendant huit ans, le premier directeur et, par une action variée en faveur de la francophonie, participe à la diversification économique de Saint-Pierre et Miquelon, après le moratoire sur la pêche à la morue en 1993.
À ce titre, il fait plusieurs voyages au Canada, aux États-Unis et au Japon. Lors de ces voyages, il écrit à ses moments perdus, ce qui donnera lieu à une trilogie sur les grandes villes canadiennes et états-uniennes, dont le premier volet, Les Veuves de verre, est paru chez Maurice Nadeau en février 2010. Parallèlement, il s'immerge dans la nature subarctique de Terre-Neuve où il étudie les ours Envol de l'ours, 1998, et fréquente le Grand Colombier, une île aux oiseaux au nord de Saint-Pierre Le Roc et la Faille, 2001, les ports extérieurs de Terre-Neuve, où l’on ne parvient qu’en bateau, Petit Nord, 2006, et les côtes du Labrador.
Au fil des années, il tâche de rendre compte du lien unissant ces lieux à la parole poétique L’Heure bleue, 2004. Après les années Francoforum (de 1992 à 2000), il enseigne jusqu’en 2010 la philosophie et l’histoire et géographie au Lycée Émile Letournel de Saint-Pierre. En juillet 2010, il prend sa retraite et rentre à Silfiac en Centre-Bretagne (56). Du 1er novembre 2010 au 28 février 2011, il était en résidence d’écrivain au sémaphore du Créac’h, sur l’île d’Ouessant. Le récit de ce séjour hivernal paraîtra sous le titre La Chambre de veille (Maurice Nadeau, 2012). En 2014 sort chez le même éditeur Digues de ciel, le deuxième volet de la trilogie nord-américaine des Veuves de verre.
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