Après une Maîtrise d'anthropologie, Pascal Auffray poursuit ses études dans une école de cinéma : l'école Louis Lumière, dont il est diplômé en 2002.
Se partageant entre cinématographie et réalisation, il a réalisé quatre films documentaires.
C’est pas du jeu, diffusé sur Canal+ a été très remarqué dans différents festivals (Côté Court, Festival du film d'éducation) mais aussi par la presse (Télérama, Libération, Doolittle). Le film nous plonge dans le quotidien d'enfants de trois ans dans une cour de récréation du 18e arrondissement de Paris.
En équilibre, coréalisé avec Antarès Bassis, est son troisième film documentaire. Le film nous raconte la relation fusionnelle du duo et couple de circassien Kati Pikkarainen et Victor Cathala, confronté à l’arrivée de leur premier enfant. Il a reçu le FIPA d'or du meilleur documentaire national et une Étoile de la SCAM en 2018.
En 2019, il réalise avec Antarès Bassis Les gamins de Ménilmontant, mettant en scène une petite bande d'enfants de CM2 qui réalise un film documentaire pour aller à la rencontre de rescapés des rafles de juifs de la seconde guerre mondiale.
Il poursuit à présent le développement de son nouveau projet de film documentaire qui met en scène, sur une période de dix ans, son amitié avec un personnage au physique atypique.