Le baccalauréat en poche, Emmanuelle Bercot intègre l’École de danse Serge Alzetta, puis l’École du spectacle où elle découvre avec émerveillement le théâtre. Élève au cours Florent, elle travaille bientôt sous la direction de Robert Hossein et Jean-Luc Tardieu. Après avoir raté le concours d’entrée au Conservatoire, elle est admise, alors qu’elle n’a pas encore de culture cinéphile, au concours de la Femis.
Dans ce cadre, elle tourne le documentaire True Romanès (1995), puis le court métrage Les vacances, prix du Jury à Cannes en 1997. Son film de fin d’études est un moyen métrage, La puce (1999), récit du dépucelage d’une adolescente par un homme mûr. Ces deux derniers films, très remarqués, révèlent Isild Le Besco, actrice fétiche de la cinéaste, avec qui elle présente une certaine ressemblance physique.
Menant, en pointillé, une carrière d’actrice (elle incarne la monitrice dans La classe de neige de Claude Miller en 1997), Emmanuelle Bercot s’attribue le rôle principal de son premier long métrage, Clément, celui d’une trentenaire transie d’amour pour un garçon de 13 ans. Cette œuvre à la fois pudique et dérangeante est présentée à Cannes en 2001 dans la section Un certain regard.
L’intérêt, pour moi, n’est jamais tant dans le fait de raconter des histoires que dans la volonté de décrire des états, d’exacerber des perceptions, déclare la cinéaste au moment de la sortie de son deuxième long métrage, Backstage, en 2005 à la Mostra de Venise et dans lequel elle continue d’explorer le mal-être adolescent, à travers la relation trouble qui unit une vedette de la chanson (Emmanuelle Seigner) à une jeune fan envahissante (Isild Le Besco).
Au Festival international du film de Thessalonique 2005, elle remporte le prix de la meilleure réalisatrice.
Lors du 68e festival de Cannes, elle présente en ouverture son film comme réalisatrice La tête haute et reçoit comme comédienne le Prix d’interprétation féminine pour son rôle dans Mon roi, ex-æquo avec l’Américaine Rooney Mara pour Carol.
Retrouvez, sur KuB, une page sur son film La fille de Brest.