Après avoir suivi des études de psychologie et travaillé auprès de délinquants et toxicomanes, Luc Choquer devient photographe à partir de 1979 et dès lors collabore à des magazines nationaux et internationaux.
Il reçoit le prix Kodak de la critique en 1985 et présente ses images au Mois de la photo à Paris. En 1986, il obtient la bourse de la Fondation Angénieux pour son travail sur la banlieue parisienne. En 1988, il participe à la création de l’agence Métis. Son premier livre, Planète France (éd. Contrejour), dont les photos seront exposées à Paris ainsi qu’à Tokyo, paraît en 1989. Il reçoit le prix de la Villa Médicis hors les murs pour son projet sur les femmes de la Perestroïka, récompensé par le prix Niépce (1992), exposé au Centre National de la Photographie et publié sous le titre Ruskaïa (éd. Marval), qui donne lieu à des expositions en France, à Moscou, San Francisco, etc.
En 1995, il expose Regard social – Regard d’artiste aux Rencontres d’Arles avant de se consacrer à son projet Portraits de Français, dont un ouvrage paraît aux éditions de La Martinière en 2007 et qui est exposé au Musée du Montparnasse, ainsi que dans de nombreux lieux en France et à l’étranger. La même année, il participe au projet du Conservatoire du littoral, en photographiant l’Archipel des Sept-Îles en Bretagne (éditions Marval). En 1997, il réalise ses premières séries de mode, puis une année plus tard Reporters sans frontières lui confie la réalisation d’un court métrage. En 2002 il expose au Mois de la photo à Paris, ainsi qu’au Salvador et au Nicaragua. Il entame un travail sur le thème du Paris Sensible en 2005.
C’est en 2008 qu’il rejoint la galerie Agathe Gaillard où il expose pour ensuite rejoindre l’agence Signatures. En 2010, il sort son livre Les Vieux. Son travail sur Les Français fait l’objet d’une exposition à La Maison Européenne de la Photographie en février-mars 2010. À l’occasion de la sortie de son livre Les Parisiens en 2011, il expose son travail sur Paris à la Galerie Agathe Gaillard. Un an plus tard, il réalise une autre résidence d’artistes, où son travail consiste à dresser des portraits de résidents d’une communauté, implantée à Berdine, un village du Lubéron accueillant depuis quarante ans d’ex-alcooliques et toxicomanes. Ce travail est montré à Arles en 2013, dans l’exposition Fait & Cause. Durant le mois de la photo en 2014, il expose sa série Femmes d’Istanbul à la Galerie Agnès B, pour laquelle il reçoit le prix Hors les murs décerné par l’Institut Français. Les éditions de l’Elocoquent publient un ouvrage de son travail sur les femmes d’Istanbul en 2019.
Retrouvez sur KuB sa série Portraits de français exposée à l'Abbaye de Daoulas en 2019.